No mundo do Valkyria Chronicles, estamos em 1935 e o continente Europa está mergulhado na Segunda Guerra Europeia entre a Autocratic East Europan Imperial Alliance – também conhecida como The Empire – e a Atlantic Federation pelo controlo de um recurso precioso conhecido como Ragnite. O Empire está a varrer o continente sem oposição e está decidido a deitar as mãos aos grandes depósitos de Ragnite do Principado de Gallia. Gallia é um país pacífico que permanece neutro no conflito, mas os seus cidadãos precisarão de defender a sua pátria da inevitável invasão. Segue o tenente Welkin Gunther e a célebre Squad 7 da Gallian Militia enquanto enfrentam as forças aparentemente invencíveis do Empire.