Atelier Ryza 3 é um RPG de mundo aberto com onze heróis que partem numa viagem quando de repente aparecem ilhas estranhas. Tal como nos dois jogos anteriores, é a estrela Ryza, que com os seus amigos deve investigar a situação a fim de proteger a sua pátria.

Ryza e os seus amigos estão a viver as suas vidas na Ilha Kurken quando chega a notícia de um súbito aparecimento de um misterioso grupo de ilhas em águas próximas.

Para encontrar uma forma de salvar a sua ilha, Ryza e os seus amigos partirão para uma aventura final em torno das “raízes da alquimia”.